Могу ли я по одному загранпаспорту прилететь в Стамбул из РФ, а по второму улететь из Стамбула на северный кипр?

Если паспорт одного гражданства, то ок. (Вы же можете новый паспорт в посольстве получить в Стамбуле, а старый допустим потерять)

Там сверка идёт по ФИО и дате рождения.

А вот если гражданства разные, а ещё и ФИО разные тогда лучше не надо. Будет оверстей.

Да, можно. У меня подруга купила билеты заранее на старый паспорт, который заканчивался через 5 месяцев. Поэтому летела по этому паспорту, что вписан в билет, а на въезде в СК предъявила новый, абсолютно чистый. Норм пропустили. Никаких вопросов. Обратно так же - регистрация на самолёт по одному паспорту, а погранцам другой для выезда.