Подскажите, по национальной визе можно прилететь на Северный Кипр, затем из южного Кипра улететь в Израиль?

Можно, но если хотите в будущем иметь возможность снова получить кипрскую нац визу, то не надо так делать. Это только для паспортов ЕС без разницы.