Подскажите, пожалуйста, ограничение по ввозу валюты в рф касается только иностранной валюты? Если я ввезу из Японии в Россию рублями сумму эквивалентную 1000 долларов, это ок? Или ограничение и рублей касается?

100 000 в эквиваленте любой валюты. Но если ваша конечна точка возврата не рф - то лимит увеличен

Другой вопрос зачем вам везти ру рубли в Японию ) когда там за них если обменивать курс просто жесткий. Лучше на карте сохранить