Получили с женой мультивизу Японии на 3 года. Там написано дней пребывания - 30. Я так понял это можно находится за один въезд, а насколько потом нужно выехать?

Ограничения на сколько выехать нет. Но есть ограничение в 90 дней пребывания в течение 180 дней.

И никогда не забывайте о том, что окончательное решение о въезде в страну принимает пограничный офицер. Поэтому если ему покажутся подозрительными ваши въезды - выезды, он может вас просто не впустить.