Были ли проблемы у кого-то при задержке/отмене рейса в Токио, если через агрегатор оформлен билет? Я так понимаю, что напрямую авиакомпания в этом случае не поможет, нужно все вопросы через агрегатор решать?

какие проблемы? Если перенос или задержка рейса об этом собщают, если не устраивает, можно сделать бесплатно возврат или обмен на другой рейс (по тарифам этого рейса). Ну отдельно про трип. Он шикарно работает. Если задержка, сообщение приходит раньше, чем в аэропорту объявление. Уведомления на каждом шагу. Замены, возвраты и отмены в пару кликов.