Подскажите пожалуйста - я вылетела из Испании в Гданьск, чтобы дальше ехать на автобусе в Калининград .

Норм. Штат поучите при выезде из Польши

Так вы из шенгена в шенген летели-это внутришенгенский перелет и никаких погранконтролей нет.

Штамп вам поставят на границе при выезде из шенгена( на выезде из Польши)

Если у Вас ВНЖ, то штамп о выезде/въезде поляки не ставят на границе в Гданьске (Гжеготки, Безледы). Сохраняйте посадочные. Ну, или можно попытаться их уговорить поставить, но не факт, что согласятся.