Вопрос, если нужна виза в Испанию с первого сентября, как корректнее оформить билет: Вылет 1го, пересечение шенгена 2го, Вылет 31го, пересечение шенгена 1го?

Вылет в Шенген первого числа. До первого не посадят на рейс

*точнее, не вылет, а прилет. Вылететь можно ночным

Если вам надо в шенген 1 сентября, значит (из вашего примера), вылетаете вы любого хоть 27 го и влетаете в шенген 1го..

все зависит от того каким маршрутом вы добираетесь до первой страны шенгена

Если у вас виза с 1 числа, то можете и пересекать его уже с 00. Часов 1 числа