Подскажите пожалуйста, если гражданин РК продает автомобиль гражданину РФ на территории РК, в договоре купли продажи какую валюту указывать Тенге? Или тенге и рубли по курсу? Или можно рубли?

Тенге.

Я бы озаботился другой проблемой:( Если Вы намереваетесь расплатиться с продавцом налом, неважно какой валютой, при оформлении авто в РФ это неизбежно всплывёт. И Вы окажетесь нарушителем 173 ФЗ как валютный резидент РФ. Стоить это может до 40% от суммы сделки