Впервые летим в Японию. Помогите с планированием. 11 дней планируем. Стоит ли останавливаться в гостиницах в разных районах Токио? Либо же на все дни брать одну и перемещаться с нее? И если посещать Киото, нужна ли там ночёвка?

Да, в киото берите ночлег. По гостиницам смотрите сами, если вам удобно с вещами бегать, то можете попробовать) но там транспорт ходит удобно, поэтому можете спокойно осесть

Ну уж в Токио точно не стоит переезжать из района в район.

Насчёт Киото: вы там явно не один день будете. Можно там и переночевать, но это будет дороже, чем в Осаке. Смотрите как удобней и как по бюджету, но если что от Син-Осаки до Киото полчаса на электричке экспресс (от центра чуть дольше)