Скажите пожалуйста, а если чешская виза в пятилетнем паспорте, но есть и биометрический? Отметок про минус страны в визе никаких нет, значит все нормально?

Значит ваша виза действует на Чехию, а в случае контакта с полицией вы предъявите ещё и действующий биометрический паспорт. Думаю, что не должно быть проблем даже при вылете через аэропорт Праги в нешенген. Это распространенная практика, когда в одном паспорте виза и закончились страницы, предъявляют оба, новый и с визой. Единственное, при вылете я бы сразу давал оба паспорта, не дожидаясь претензий по 5-летнему.