Скажите пожалуйста, могу я, имея Шенгенскую мультивизу, приехать в Прагу через Венгрию, но пробыть больше дней в Чехии, чем в Венгрии?

Если первая, поездка венгерское консульство может аннулировать визу, получив сообщение от отеля об отмене брони. Если не было Праги в анкете, могут в следующий раз обидеться за вылет из Праги и дать меньше визу или отказ. При повторной поездке по откатаной визе это не важно.

Технически можете, юридически по правилам - обязаны за время действия визы пробыть по ней в стране которая ее выдала хотя бы на 1 день больше чем в любой другой стране шенгена.

Можете, если бронь в гостинице Венгрии отменять не станете. В противном случае, при следующем заказе визы, причем в любую страну ЕС, можете получить отказ. Но может повезет.