Подскажите, позавчера пересекали с сыном границу в Нарве из Ивангорода, оба имеем голландские паспорта, я - старого образца, а сын - нового.

Если паспорт получен только что, то первый проход всегда через ручной контроль.

Если уже ходили через ворота не важно в какой стране, то просто не сработал чип. Так бывает

Такое бывает. У сына очевидно новый паспорт с новым чипом.

Новые европейские чипы плохо считывает эстонская техника (это слова эстонской пограничницы).

С немецким биометрическим паспортом та же история.

Не волнуйтесь, может ПО не обновляется, может обмен базами выданных паспортом не настолько быстрый.

В общем это не проблема, не баг, а фича (как говорят на сленге программисты).

Пусть сын продолжает ходить. Когда-нибудь сработает нормально

У меня было аналогично 2 дня назад, мой паспорт зависал на всех трёх терминалах в Нарве, у моего родственника - считался сразу. Паспортам около 10 лет с даты выдачи.