Планируем поездку в Японию - три человека, двое в Москве на визы подаются, а один из Новосибирска. Платить сервису за оформление визы не хочется, можем ли мы подать его паспорт на визу вместе с нашими если он его как-то передаст?

Можете по доверенности, которая пишется в свободной форме и без нотариального заверения

конечно можете

Ему тогда надо отправить вам паспорт и документы где должна быть его живая подпись

Остальное либо вы печатаете в Москве, либо он собирает сразу весь пакет документов и отправляет вам по СДЭК (к примеру)