Если человек только устроился на работу, буквально два дня и мы подаем на визу Японии - это не будет подозрительно выглядеть? или лучше не стоит вообще трудовую прикладывать на этот случай?

Если человек работает, то в справке с места работы не надо указывать с какого числа он начал работать, только место работы, должность и оклад, тем более в посольство не надо показывать трудовую, ее там просят только у безработных