Если рейс Пхукет-Малайзия с 9-часовой пересадкой в Сингапуре, то выпустят в город? Или лучше взять 2 билета отдельно Пхукет-Сингапур и Сингапур-Малайзия ?

Вообще неважно : главное, чтобы было НЕ больше 96 часов, но и если пересадка в Сингапуре одним билетом, то возможно, что не надо будет брать багаж и снова регистрировать..

То есть у вас тогда будет больше времени погулять в Сингапуре с ручной кладью..

В город выпускают даже если у вас будет 4 часа..