Планируем переезд в Португалию. Можно ли въехать в страну по шенгену и на месте получить визу Д по ИП?

Нет, визу D можно получить только в консульстве за пределами Португалии.

Раньше можно было получить сразу ВНЖ так, но сейчас эту статью (89) прикрыли.

Есть похожая 90 статья, но там доход другой уже и заказчики вроде португальские нужны будут.