Подскажите пожалуйста, а с визой выданной в консульстве я должна сразу в Португалии оказаться или она дает правда проезда по ЕС, например через Эстонию?

Вы можете проехать через Эстонию, но сохраните все билеты, посадочные до Португалии, потому что на подачу на внж вам нужно будет доказать легальность въезда именно в Португалию.