Скажите пожалуйста, а если влететь из Малайзии через Сингапур, а вылететь на Бали то дадут транзитную визу?

Конечно. Только вы как-то не по-русски написали. Поэтому на всякий уточню:

Если сначала Малайзия, потом Сингапур (не более 96 часов между временем прилета согласно билету и вылета), потом Бали, то всё ок.