Подскажите, пожалуйста, если летим СПБ - Шанхай - Куала - Лумпур - Шанхай- СПБ, где Шанхай - это транзит на 3 часа.

Въехать вы можете и на автобусе, но вылетать обязательно самолётом и НЕ в Малайзию. Из вашего маршрута непонятно, где именно планируется Сингапур, но если вы хотите обратно в КЛ вернуться, то так нельзя. Нужно улетать куда-то ещё (Индонезия, Таиланд, и тд.), а потом можете опять в КЛ.