Планируем поездку в Японию в конце декабря, если верно поняли - подаваться нужно не раньше, чем за 90 дней, боимся, что подорожают билеты и хотим купить, пока есть дешевые, но они невозвратные.

Если Вы работаете, не было прописки в новых регионах, то не должно быть проблем

Отказы в визе происходят по причине: Украина, Абхазия, безработица, судимость (о которой можно и умолчать). К вам что-то из этого применимо? Если нет то отказ фактически исключен

Про остаток: от 200 тр на счету при поездке до 15 дней

Это для того, что б быть уверенным. Принесёте справку из расчета 100 долларов на день, например, 78 тр на 10 дней, готовьтесь идти за новой или получить отказ

Нет никаких требований по сумме на день

Но есть откатанная практика, что при справках от 200 вопросов в консульстве не возникает