Подскажите, Рассматриваю варианты с отелями в Токио, есть опции с завтраком, насколько выгодно брать с завтраком или же есть утренние кафе, где можно, перекусить+те же комбини ?

Комбини 24ч, еда там хорошая. Так что конечное решение за вами

Как вариант есть сеть кафе Veloce, в основном, начинают работать с 7 утра и до вечера. Кофе, тосты, сладости и тд.

Завтракал там один раз, хорошо

Ну и некоторые заведения сетей Matsuya, Matsunoya, Yoshinoya и тд работают круглосуточно.

Там, в основном, японская еда, дёшево и вкусно.

Советую ещё сеть раменных Yoshinoya, они есть почти везде, бюджетно, очень вкусно и сытно