ВНЖ1 Португалии уже есть, а что касается выдержки срока пребывания для паспорта?

Сроки пребывания в стране касаются только ВНЖ. В законе есть пункт, по которому можно находиться за пределами Португалии дольше допустимого, но он очень расплывчатый, вам нужно внимательно этот момент изучить.

Для паспорта нужно иметь ВНЖ в течение 5 лет. Если ВНЖ не аннулируют и не откажут в дальнейшем продлении, то проблем не должно быть.