Подскажите на Мадрид из Стамбула тоже будет таможенный досмотр?

Если пересадка, то никакой таможни. Только предполетный досмотр.

Через транзит если пойдете, то будет только контроль безопасности. Хотя непонятно, зачем он - все его проходили при посадке на прилетевший самолет

Таможня только на входе и выходе в аэропорт. Если вы имеете в виду паспортный контроль, то это немного не таможня

Досмотр на транзите вещи через ленту пропустите и дальше на посадку. А в мадриде паспортный контроль по прилету и все