Подскажите если прилететь в Санкт-петербкрг ночью в 23.45 Гостиница вообще в центре. Лучше не рисковать и переночевать поблизости от аэропорта? если да, то где?

А чем рисковать? Убедитесь, что в гостинице ресепшн круглосуточный, и спокойно едьте туда

Если будут силы и успеваете по времени - можно на автобусе доехать до метро Московская и оттуда вызвать такси ( так будет немного дешевле). Если хочется уже отдохнуть - то лучше сразу ехать на такси)

Но в о том случае - его не избежать)