Если есть держатели карты Арарат Банка, подскажите, пожалуйста, её возможно с российских карт пополнять/ есть ли комиссия?

Да пополняют через id pay систематический 0,9% комиссия.

Можно id pay и kwikpay, комиссии 0,9% но не менее 100 рублей

Через Сбер можно