Как лучше - экскурсией с автобусом поехать из Сочи в Абхазию, в Гагры, Сухум и термы Кандыг( кстати как там, кто знает?) Или самим через границу , потом на такси до Гагры там погулять и на маршрутке в Сухум?

Лучше собраться компанией, скинуться и нанять машину с хорошим водителем, который вас покатает,будет ждать везде, пока нафоткаетесь-накупаетесь и безопасно доставит обратно)

Экскурсия в Кындыг не нужна, это просто термальные источники, куда может зайти за 300 рублей на любое время (вплоть до закрытия) любой желающий. Один день на Гагру, Сухум и Кындыг... вы просто проедете через Гагру и Сухум, остановки будут совсем короткими и вы мало что увидите.

Из Сочи в Сухум с заездом в Гагру... Это только если бегом. Лучше просто по Гагре погулять, иначе вы ничего толком ни там, ни там не увидите.

Самим не очень удобно будет, скорее всего, потратите много времени на дорогу. Терм не ждите в привычном понимании. Но если вам нужна именно этот маршрут (Сухум и Кындыг) проще с экскурсией.