Имею ВНЖ Казахстана, но гражданство РФ, машина естественно на учёте в РФ, в дальнейшем планирую получить гражданство РК - как быть с машиной?

Сильно проще и дешевле будет продать и купить в РК.

Все зависит от состояния авто, если ниже евро 4, старше 2010 года выпуска РФ производства, нет крепления ISOFIX можете даже не заморачиваться, на учет не поставят.

Пора менять, лучше поднапрячься и взять новый, это вам будет в 1,5 раза дешевле стоить, чем такой же новый в РФ брать.