Если виза в Грецию оформлена с вылетом из Варшавы, а я полечу в другой город евросоюза.В Грецию вообще не полечу. Будет ли препятствие к вылету ?

Поляки не очень дружелюбны к россиянам, могут докопаться. Если бы например, въезд был через Грецию в Польшу с польской визой, греки бы пропустили. А эти могут проблемы создать.