Может кто то знает и подскажет мне . Можно ли в Ереван прилететь по Российскому внутреннему паспорту а вылететь по немецкому в Мюнхен . ?

Да, можно. Могут при вылете попросить показать оба паспорта и не более того.

Из России по русскому, в Армению можно въехать по немецкому - виза не нужна. Из Армении в Германию по немецкому.