Подскажите пожалуйста, а кто-нибудь сталкивался с тем, что не выпускали в город по транзиту? Или возникал ли случай, что не пускали на самолёт без визы Китая?

Бывали, но это либо исключительные случаи, либо люди плохо изучали правила транзита.

Не выпустить из транзитной зоны могут при небольшой пересадке и прилет вылет из одного аэропорта. Если у вас смена аэропорта, внутренний перелет, транзит больше суток, не могут не выпустить