Подскажите, пожалуйста, если нам надо будет 31. 03 перемещаться из Токио в Киото, а 02. 04 из Киото в Осаку это удобнее сделать синкансеном же, да?

Да это самое быстрое. Если не золотая неделя, то на месте

между Токио и Киото, определенно да.

между Киото и Осакой что угодно. можно и обычным электроном за 45-60 минут. это соседние города

билеты можно взять на месте

Можно вообще билеты не покупать, суйкой/икокой оплатить проезд. Мы Кансай мини пасс использовали