Transportation number в декларации на въезд в Малайзию это номер самолёта вылета?

Номер рейса, скорее всего.

(Я навскидку точно не помню, но всегда везде был номер рейса прибытия, например, в пору заполнения бумажек в самолёте)

Когда прилетаете, везде и всюду заполняете и смотрите при получении багажа тот номер рейса на котором прилетели в эту страну