Есть ли у кого-то опыт, что не впустили в шенген при влёте через третью страну (страну, отличающуюся от той, что выдала шенген визу)?

Личного нет. Но знаю такие случаи с Германией при попытке влёта по неоткрытому Шенгену другой страны.

Германия может не впустить, а если полет через Италию, Францию и тп - проблем не будет)

Если переживаете о будущих визах, то декларация о въезде решает эту проблему)