Товарищи спустя год работы мой бухгалтер спохватился и решил что фирма должна платить НДС за IT услуги предоставляемые зарубежной компании.

именно платить или быть в системе НДС? если доход от 30 тысяч, то надо регистрироваться в НДС, да. Но экспортные услуги по ИТ (разработка, например) идут по нулевой ставке.

то есть в ваших счетах должен присутствовать НДС, по ставке 0%, и с нулевой суммой

в инвойсах контрагентам тоже НДС выделяется таким же образом

Зависит от юрисдикции вашего заказчика. Если заказчик из USA то PDV=0, и это точно.

А вот остальные страны - зависит от факторов.

Ндс равен 0

По всей ЕС и во многих других странах экспорт IT услуг идёт по нулевой ставке НДС, в Черногории тоже.

Другой вопрос, что этот НДС может на стороне партнёра появляться. Например, мой партнёр из кипра платит за мои инвойсы НДС 19%, но пока что у них льготное налогообложение, поэтому этот ндс как-бы возвращается