Делаю визу в Австралию, если есть два действующих загран.паспорта, можно ли указать что только один? Смогут они это проверить?

Если со вторым паспортом обращались за визой США, Канады, Великобритании, Новой Зеландии - точно могут.

А что мешает указать оба паспорта? В анкете есть вопрос по этому поводу: есть ли еще действующий паспорт по которому можете путешествовать. ( Не помню точную формулировку)