Подскажите, если с итальянской визой, перелетаю в Прагу, потом улететь из Праги в Рф через Турцию можно? Проблем в аэропорту не будет? Или надо возвращаться через Италию?

С чего бы? Вылет из Праги разрешён, были Вы там 2 дня, проблему можно только придумать.

Проблемы будут в случае если:

1) У Вас не биометрический загранпаспорт

2) В итальянской визе стоит отметка "Cz-"...

Если хотите потом длинную итальянскую визу, лететь через Италию обратно