Подскажите, пожалуйста, на какой паспорт лучше купить билет из Тайланда в Тель-Авив, если влетела в Тай из России по российскому паспорту? Лучше на РФ или сразу на израильский?

На любой, на регистрации показываете тот, на который купили билет,

На погранконтроле логичнее тот по которому прилетели. Спросят второй - покажите второй.

А уж в Тель-Авиве точно всё равно на какой паспорт у вас был билет - въезжаете по израильскому :)