Если второй паспорт с визами Франции ещё действует, его можно сдать или не примут?

Примут, сдавайте его

Если он вам нужен на время рассмотрения документов, то несите ксеропии всех страниц, но принесите его с собой в вц, чтобы сверили

Можно еще написать сопроводительное письмо и пояснить, что не сдаете его, так как планируете другую поездку, например, но это уже опционально