Я живу в Калининграде,хочу сделать французскую визу.

Да, вы можете выезжать из Шенгена по земле. Но есть нюанс. Чехия во-первых, не пускает россиян с туристическими целями и у вас на пути из Франции в Чехию должна быть правдоподобная легенда, что вы в Прагу, допустим, на три дня, а потом снова вернетесь во Францию где и продолжите отдых. Во-вторых, Чехия не признает пятилетние российские паспорта - если у вас такой, то виза будет выдана за исключением посещения Чехии