Подскажите пожалуйста, продлят ли ВНЖ на второй год если человек в Болгарии находился всего 2 месяца?

Официально нет лимитов по нахождению в стране. Так что это не основание для отказа

Хоть один день.

Сроки важны для пмж

Главное успеть подать документы за 14 дней до конца вашего статуса. И не позже!

В противном случае, документы могут не принять… (или примут, но попросят написать «объяснительную») Поэтому фактическое пребывание не один день.

А минимум 14 у вас получится (именно столько длится рассмотрение вашего заявления на «новый» ВНЖ) + ожидание изготовление карты (зависит уже от выбранной вами услуги)