Если я взял 5 новых не распечатанных телефонов на сумму 5000$ и по прилёту в Баку задекларировал, то я должен буду оплатить 39% от 4200 или каждый телефон отдельно считается?

Не больше 2х. У тебя уже коммерческая партия будет и просто 39% от 5000$ таможне и регистрация еще по 70-100 манат на каждый.

Больше 2х это коммерция, поэтому их просто конфискуют

подозреваю, что со все суммы возьмут, как коммерческую партию