Подскажите, если ехать в середине апреля, примерно с 5 по 15, в какие города кроме Токио, Киото бы посоветовали, хочется не супер туристических мест?

я бы традиционно посоветовал Кюсю, но сакура в это время останется там только в горах

Сакура и «не туристические» места, мега сложно сочетать. Считайте невозможно. В Канадзаве конечно было поменьше чем в Киото, но тоже много людей, особенно возле сакуры. Тут вам нужно выбирать «без толп» или «без сакуры»))