Я получил ВНЖ Португалии, но затем пришлось вернуться в Россию, где живу больше года ( превышение срока). Сейчас снова хочу вернуться в Португалию.

Людям отменяют процесс не то что за год или месяц- за неделю превышения срока.

Я не специалист, но может Вам получить другой загран без штампов, доказывающих отсутствие в Португалии год, и по нему продлеваться? На момент продления покажете действующий долгосрочный контракт аренды. Как в этом случае можно узнать об отсутствии?

Как вариант, предлагаю изучить законные причины долгосрочного отсутствия и посмотреть, какой из этих вариантов, подходит под ваш случай. Вы, вероятно, не просто так сидели больше года вне Португалии. Если какой-то из этих сценариев соответствует вашему случаю, подготовьте подтверждающие документы причины столь долгого отсутствия в стране и предъявите на границе в качестве объяснения, если на паспортном контроле возникнут вопросы. При наличии подтверждающих документов я бы летела напрямую в Португалию, чтобы решать вопрос на месте. Удачи!