Подскажите, на Букинге указана цена плюс отдельной строкой налоги и сборы. Т. е. к указанной цене за номер в Шардже ещё придётся оплатить эти налоги?

Да, придётся доплачивать эти налоги. Они и у туроператора есть, просто отдельной строкой вы их не видите

Налоги оплачиваются на месте, как правило наличкой. На наших читайте внимательно бывает очень мелким шрифтом как в кредитном договоре про городской туристский налог