Подаю документы в консульство на генеральную доверенность применимую на территории РФ, уканно ввести данные внутреннего паспорта.

внутренний - это внутренний.

загран - он тоже российский.

можно указать данные всех паспортов, и внутренний и загран (работает с местными нотарисами, которые устанавливают личность по заграну)

Внутреннего, если есть действующий.

Гражданин РФ делает доверенность, скорее всего, на гражданина РФ на территории РФ (консульство - территория РФ) у российского нотариуса с занесением в российскую базу доверенностей для передачи права на совершение действий с российскими активами на территории РФ. Кажется, заграничный паспорт тут не в тему) Я в аналогичной ситуации указывал оба, но уже в консульстве решили оставить только внутренний

Вносите два паспорта. И на доверителя и на доверяемое лицо. Подкорректируют, если нужно