Могу влететь в транзитную зону с одним паспортом, а идти на посадку с другим паспортом, в котором есть шенген?

Если вы не выходите из транзитной зоны в Турции, то вы вообще не проходите через пограничный контроль

Про въезд и выезд из страны имеется в виду прохождение там погранконтроля. На посадку предъявляете тот паспорт, который дает право на въезд в страну, куда собираетесь лететь. Иначе вас просто не допустят на рейс.