Лечу в Москва - Йоханнесбург, но купили билеты на букинге, там при покупке билета не спрашивают номер паспорта, а в России при покупке билета ввод номера паспорта обязателен Немного переживаю, чтобы всё было нормально.

Зайдите на сайты авиакомпаний, введите инфо своих билетов, по сути должна быть возможность редактирования - добавления информации, при онлайн чекине тоже должно быть можно редактировать.

Да, нормально, многие зарубежные АК номер паспорта вообще не просят