А подскажите, пожалуйста, в Японии далеко/сложно/долго от Осаки до Киото? У нас в Киото 3 дня, удобно будет каждый день из Осаки или лучше там брать отель?

Смотря какая станция метро где живёте. Если прямые до Киото из Осаки ,ехать 50 минут Если цель 3 дня ездить в Киото, посмотрите с каких станций идёт прямой скоростной (не шинкансен, а быстрая электричка ) и там бронируйте отель в Осаке