Можно ли подходить к окошку в посольстве Японии вдовьем с молодым человеком? если можно, то нужно ли в программе пребывания вверху писать, что мы вместе? Насколько это важно?

Да, находясь в посольстве возьмите талон и подходите вместе.

В программе пребывания укажите оба ваших имени в верхней части листа. Также у вас должны быть оба имени в бронях гостиниц.

Отели и план подготовьте в одном экземпляре как общий набор доков, а все остальное — на каждого человека свой комплект. И следите за порядком документов в стопке — должны совпадать по очередности с их списком с сайта