Я по такому вопросу парень как приехал в Польшу только здесь сделал загранпаспорт и соответственно штампа не имеет. Ему не проблемно будет на поезде съездить в Прагу? Проблем из-за этого не будет?

Зависит от того,на каком основании он находится в Польше.Если на статус укр,то нужно иметь в телефоне приложение mObywatel,в нем Dia.pl,тогда нет проблем,ну и если имеет карту побыта любую.

Само отсутствие печати о въезде никак не влияет. В паспорте же указано где он его получил и когда.

Должно иметься действующее основание для нахождения в Шенгене. Национальная виза тут не годится.